Молекулярная динамика (MD) Движения белка




НазваниеМолекулярная динамика (MD) Движения белка
Дата конвертации02.05.2013
Размер484 b.
ТипИсследование


Молекулярная динамика (MD)


Движения белка.



Зачем нужны молекулярная механика и моделирование?



Молекулярная механика

  • Основы:

  • Симуляции подчиняются законам классической физики. Движущая сила : Функции потенциальной энергии, минимизация энергии, молекулярная динамика.

  • Использование:

  • Поиск конформаций биомолекул.

  • Исследование флуктуации и динамики биополимеров.

  • Расчет, как самой свободной энергии систем, так и её изменение.



Молекулярные движения



Молекулярная динамика (MD)

  • Молекулярная динамика это процесс позволяющий описать сложные химические системы в терминах реалистичной атомарной модели с целью понять и предсказать макроскопические свойства системы основываясь на детальном знании структуры.



Движения атомов



Уравнение Ньютона



Силовое поле



Силовое поле



Силовое поле



Силовое поле



Силовое поле



Силовое поле, константы



Силовое поле, константы



Применение силового поля



Молекулярная динамика



Молекулярная динамика, интегратор



Алгоритмы ограничения быстрых колебаний



Контроль температуры



Контроль давления



Самосборка мембраны



Методология подготовки системы для МД



Силовое поле, получение топологии молекулы



Периодичные граничные условия



Форма ячейки



Модели воды



Добавление воды в ячейку



Что можно узнать из МД?

  • равновесные свойства:

  • Константа связывания лиганда с белком

  • Средняя потенциальная энергия системы

  • Распределение жидкости вокруг различных элементов

  • динамические и неравновесные свойства:

  • Вязкость жидкости

  • Процесс диффузии в мембраны

  • Динамика фазовых изменений

  • Кинетику реакции



Проникновение веществ в мембрану



5 DS-SA



Ориентация 5-DSA



Статистическое распределение воды



Ограничения МД



Длинна траектории МД



В следующей лекции



Похожие:

Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconТворческая работа по теме "Динамика" ученицы 11 класса мкоу "Кирпичнозаводская сош" Фомченковой Александры Что такое динамика?
Динамика раздел механики, в котором изучаются причины возникновения механического движения. Динамика оперирует такими понятиями,...
Молекулярная динамика (MD) Движения белка icon6 Динамика вращательного движения твердого тела относительно точки Динамика вращательного движения твердого тела относительно точки
Сходство и различие линейных и угловых характеристик движения Рассмотрим вращение частицы массой m вокруг вертикальной оси z (ось...
Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconЛекция 2 «Молекулярная динамика. Идея статистического описания»

Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconЛекции по физике. Механика Динамика вращательного движения. Гироскопы. Неинерциальные системы отсчёта Динамика вращательного движения
Лекции по физике. Механика Динамика вращательного движения. Гироскопы. Неинерциальные системы отсчёта
Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconЛекция 5 Динамика вращательного движения Особенности вращательного движения твердого тела под действием внешних сил
Ускорение при вращательном движении зависит: не только от массы тела, но и от ее распределения относительно оси вращения, не только...
Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconЦель урока: сформировать знания об основном процессе метаболизма – биосинтезе белка как сложнейшем многоступенчатом процессе, в котором реализуются функции многих веществ и органоидов клетки; закрепить знания о генетическом коде. Цель урока
Рнк это самые маленькие по размерам рнк. Они связывают ак и транспортируют их к месту синтеза белка
Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconВ трех домиках живут ежик, заяц и белка. Ежик и заяц живут в домиках с большим окном. Заяц и белка живут в домиках с высокой крышей. Кто в каком домике живет
В трех домиках живут ежик, заяц и белка. Ежик и заяц живут в домиках с большим окном. Заяц и белка живут в домиках с высокой крышей....
Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconОтносительность механического движения на примере суточного и годичного движения небесных тел

Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconШокотерапия против градуализма: динамика производства при переходе к рынку в. В. Попов
Экономическая динамика при переходе к рынку: влияние исходных условий и экономической политики
Молекулярная динамика (MD) Движения белка iconДень зелёного огонька заявляем твёрдо мы
«Глобальная неделя безопасности дорожного движения, или Безопасность движения без аварий»
Разместите кнопку на своём сайте:
hnu.docdat.com


База данных защищена авторским правом ©hnu.docdat.com 2012
обратиться к администрации
hnu.docdat.com
Главная страница